История монастыря уходит в далекий 17 век, когда патриарх Никон вместе с царем Алексеем Михайловичем задумали построить на русской земле аналог Палестины. Дело в том, что в те времена на Святой земле господствовала османская империя, и посещение Иерусалима для христиан было просто опасным. Истринские земли были выбраны не случайно – ландшафт позволял воссоздать святую землю в миниатюре: река Истра сыграла роль реки Иордан, окружающие монастырь холмы могли послужить аналогами холмов, окружающих Иерусалим, парк за стенами монастыря был переименован в Гефсиманию.